už tě asi chápu. Bez schématu zapojení je to těžký. Ten odkaz z instructables.com určitě bych nespojoval +5V z regulátoru s +5V Arduina. Podle mě slouží k napájení řídícího obvodu a pokud budeš napájet Arduino z jiného zdroje a spojíš těchto +5V dohromady může nastat problém (možná už nastal). Použil bych pouze zem (GND) a pwm signál. I tak bych tam radši dal 100R odpor mezi PWM Arduina a regulátor. Ochranné diody Atmegy jsou schopny lecos ustát, když se jim dá šance a nejedou na mezních parametrech.
Ten odkaz z instructables.com je zavádějící, protože nemá nakreslené napájení Arduina ....
dávej si ještě pozor na princip řízení. Regulátor jede na stejné funkci jako servo !!! Tady klasické 0-100% PWM nepoužiješ ...